وفي ديسمير 2016، ألقت السلطات المصرية القبض على حسين بعد عودته من الدوحة في إجازة.
وجاء اعتقال الصحفي بعد بثت قناة الجزيرة التي يعمل في مقرها في الدوحة لفيلم وثائقي عن دور الجيش في مصر في الحياة السياسية.
وكانت منظمة العفو الدولية قد وصفت مصر في عهد السيسي بـ"السجن الكبير للصحفيين".